Joaquim Rubió i Ors neix a Barcelona l'any 1818. El seu pare, Josep Rubió, era impressor i llibreter de vell.

Cursa els estudis primaris a la mateixa escola que Manuel Milà i Fontanals i a partir del 1831 continua la seva formació a les escoles de la Junta de Comerç. Posteriorment, l'any 1833 inicia els estudis de Teologia, que tanmateix aviat deixa per manca de vocació eclesiàstica. Degut a la falta de recursos econòmics de la família per tal que pogués estudiar a la Universitat de Cervera, es professionalitza a la llibreria del seu pare fins que, el 1835, pot continuar els estudis universitaris gràcies a la reinstauració de les càtedres de Dret a Barcelona. Es llicencia en Dret l'any 1842 i en lletres el 1846. És catedràtic de literatura espanyola a la Universitat de Valladolid -on va ser destinat entre 1847 i 1858 en treure el segon lloc a les oposicions a càtedres de literatura (el primer d'aquestes oposicions és Milà i Fontanals, que ocupa la plaça de Barcelona)-. Més tard és professor d'història universal (1858-1899) a la Universitat de Barcelona on exerceix els càrrecs de vicerector i després de rector.

L'obra de Rubió i Ors, gran part de la qual està escrita en llengua castellana, va des dels assaigs de crítica literària i història fins a la poesia i la dramatúrgia, passant per la teologia. Així, de la seva activitat com a docent en sorgeixen escrits com El libro de las niñas (1845) -on trobem la seva vessant més catòlica i moralista-, Epítome-programa de Historia Universal (1873-1875) o Lecciones elementales de Historia de España (1885). Juntament amb la docència, la professió del pare com a impressor i llibreter, fan que Rubió i Ors entri aviat en els ambients literaris de la Barcelona de l'època. Les obres Noticia de la vida y escritos de D. Joaquín Roca y Cornet (1876), Noticia de la vida y escritos de D. Manuel Milà y Fontanals (1887) i Piferrer considerdo desde el punto de vista de [su] intuición artística (1898) són fruit del seu deute amb aquestes figures de la intel·lectualitat barcelonina. També publica, a nivell biogràfic, treballs sobre autors clàssics com Ausias March (Ausias March y su época, 1882) o el Rector de Vallfogona (Dr. Vicente García, Rector de Vallfogona: su biografía y juicio crítico de sus obras, 1879).

Com a dramaturg, dona a conèixer les obres Gutenberg (1880) i Luter (1888) i escriu la peça, inèdita, Belisari. Pel que fa als textos relacionats amb la temàtica eclesiàstica, és autor del Manual de elocuencia sagrada (1852) i dirigeix, juntament amb Roca i Cornet, la "Biblioteca Católica". Col·labora a les publicacions "La Religión" i "La Ciencia Católica" i dirigeix "El Mensajero del Sagrado Corazón de Jesús" i "El Criterio Católico" (1885-1887). En una línia similar, redacta les obres Paralelos entre el catolicismo y las sectas protestantes (1870) i Los supuestos conflictos entre la religión y la ciencia (1881). Finalment, l'obra Breve reseña del actual renacimiento de la lengua y literatura catalanas (1877) suposa el primer intent de descripció acadèmica de la Renaixença com a moviment.

Malgrat aquesta diversitat estilística, l'obra de més ressò i de Rubió i Ors és el llibre de versos Lo gaiter del Llobregat, que respon a la moda romàntica del trobadorisme. Publicat per primer cop l'any 1841, quan l'autor just tenia vint-i-tres anys, alguns dels poemes que componen l'obra ja havien aparegut a Diario de Barcelona entre 1839 i 1840 sota el mateix pseudònim que el títol de l'obra. Testimoni d'una època, -del Romanticisme i de la Renaixença catalana- Lo gaiter del Llobregat aplega una obra poètica original, on s'estableixen algunes de les bases temàtiques, mètriques i lingüístiques de la poesia catalana a partir de mitjans del segle XIX. Si la primera edició de l'obra constava de vint-i-set poemes, a l'edició del 1858 n'hi havia cinquanta-nou i ja incloïa el poema èpic sobre els almogàvers Roudor del Llobregat.

El 1854 es casa amb la seva cosina germana, Elisea Lluch. Després dels anys que passa a Valladolid, i ja de nou instal·lat a Barcelona, és un dels sol·licitants, l'any 1859, de la reinstauració dels Jocs Florals de Barcelona, els quals guanyà els anys 1860, 1861 i 1863. Aquest mateix any és nomenat mestre en gai saber. A partir del 1890 presideix els jocs florals i és president, també, de l'Acadèmia de les Bones Lletres. L'any 1896 és nomenat rector de la Universitat de Barcelona.

Joaquim Rubió i Ors mor a la seva ciutat natal l'any 1899.