Josep Maria Puigjaner i Matas neix a Barcelona el 9 d'octubre de 1937, en plena Guerra Civil espanyola. Fill d'una família acomodada i benestant, viu la postguerra com una època austera, sense alegries extraordinàries però sense passar mai gana. El seu avi és un els fundadors de la Cerveseria Damm i, el seu pare, un enginyer industrial que, després d’anys en una fàbrica tèxtil d’Olesa de Montserrat, entra a treballar a la cervesera a Barcelona.

És educat fins al 1954 als Jesuïtes del carrer Casp, on estudia batxillerat. Alhora, practica un catolicisme molt actiu i forma part de la congregació mariana, una tasca que el porta a fer catequesi als barris més pobres. A disset anys entra al noviciat dels jesuïtes i hi estudia humanitats, filosofia, teologia i, als vint-i-cinc, periodisme a Madrid. És allà, a la Universitat de Madrid, on aprofita els tres anys de la diplomatura per convalidar els estudis de Filosofia Eclesiàstica i treure’s la llicenciatura en Filosofia i Lletres, en l'especialitat de Filosofia Pura.

Enllestida l’estada a la capital espanyola, torna a Catalunya a estudiar Teologia i ordenar-se capellà. Poc després, però, viatja a Madrid perquè els jesuïtes li proposen ser el director de la revista Mundo social, una publicació centrada en qüestions socials, econòmiques i polítiques, propera al Concili II del Vaticà i incòmoda pel franquisme pel seu esperit renovador. N’és director entre el 1969 i el 1976, anys en què accentua la seva consciència política i se situa a la primera fila dels lluitadors contra el règim franquista.

Amb la mort de Franco, la publicació perd la seva funció i els jesuïtes consideren que s’ha de substituir. Puigjaner plega com a director, decideix deixar la Companyia de Jesús i, posteriorment, secularitzar-se.

Les acaballes de la revista coincideixen amb la corresponsalia de l’Avui a Madrid i amb el seu casament. És el 1977 que torna a Barcelona per ser el director de publicacions d’Edicions Oriflama, empresa editora del setmanari Oriflama. Alhora, col·labora amb Presència, l’altre setmanari català del moment. Però l’aventura s’acaba el mateix any, quan el seu propietari, Anton Canyelles, decideix tancar perquè el projecte no se sosté econòmicament.

És llavors quan enceta una nova etapa com a editor. Concretament a Blume, una editorial que fins al moment publica pràcticament només en castellà i que el crida per portar les edicions en llengua catalana. Els seus dos anys a Blume coincideixen amb la publicació del seu primer llibre, Lletres apassionades a l'hora de l'alba (1979), unes missives en què recorda l’impacte del franquisme pels catalans catalanistes.

A aquesta primera publicació la segueixen, per exemple, Ser catalán, ¿Qué es eso? (1984), Visions del navegant (1984), Ideologies i corrupció. Bisbes, polítics, ciutadans (1994), Estimada pàtria. Tenim el deure de sobreviure (2003) o Proses per a la llibertat de la nació. Dietari del camí a Ítaca (2013). Són, sobretot, obres d’assaig, reflexió i divulgació que se sumen a les seves col·laboracions en mitjans de la premsa escrita i revistes científiques com La Vanguardia, El País, La Razón, Catalunya Cristiana, El Matí, Revista de Catalunya, Projecció exterior, El Europeo, Signo, Razón y Fe, Reseña, El Ciervo o El Pregó, entre altres.

Entre 1980 i 2005 és l’etapa més productiva, i la compagina amb una feina a la Generalitat de Catalunya. Albert Manent, director general del primer govern de Jordi Pujol, li proposa fer les obres que consideren necessàries per al conjunt de la institució. Són llibres com Catalunya: un país mil·lenari (1989), Viure Catalunya (1990) o Conèixer Catalunya (1998), entre altres, i que apareixen en cinc llengües alhora.

Una de les figures que més el marca intel·lectualment i personal és el jesuïta francès evolucionista Teilhard de Chardin, de qui en tradueix diverses obres i el 2013 publica Teilhard de Chardin, l’apassionat combat d’un evolucionista total, obra que després tindrà la seva versió teatral.

I també cultiva la ficció. Comença amb narrativa curta i publica Visions del navegant el 1984 o Novel·la d'Andrea i altres relats no del tot històrics, el 1992, a més de la novel·la juvenil Elisenda, escriu-me, amb Ricard Lobo, el 1996 o la infantil Petita història de Charlie Rivel, amb il·lustracions de Pilarín Bayés, el 2015.

Tant pel seu vessant d'articulista com de narrador ha rebut premis com l'Avui de periodisme (1975 i 1982), el Salvador Espriu (1992) per Novel·la d'Andrea i altres relats no del tot històrics o el premi Serra i Moret (1990) pels seus articles periodístics.

Fou soci d'honor de l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana.

Josep Maria Puigjaner i Matas mor el 20 d'abril de 2016 a l'edat de setanta-vuit anys.