Nascut a Mataró el 1946, Lluís Flaquer comença a estudiar dret a la Universitat de Barcelona (UB) però, amb dubtes sobre la seva vocació com a jurista, es trasllada a París, on cursa ciències polítiques i el 1969 es gradua a l’Institut d’Études Politiques (SciencesPo). Entre les assignatures que cursa, una de sociologia a càrrec del professor Henri Mendras li permet descobrir aquesta ciència. A més, Salvador Giner publica en català un petit volum amb el títol de Sociologia (1968, Edicions 62), la lectura del qual referma la seva decisió de dedicar-se al seu estudi. El 1976, es llicencia en Dret a la UB.

El 1970, de retorn a Barcelona, treballa com a redactor de política i sociologia a la Gran Enciclopèdia Catalana fins que tanca el 1972. Posteriorment, és professor de Ciències Socials a l'Institut Joanot Martorell i a l’acadèmia UNITEC de Barcelona, fins al 1974. Entre el 1971 i el 1975, col·labora amb diverses editorials barcelonines, que li encarreguen algunes de les seves primeres traduccions del francès i de l’anglès al castellà. Tot i que la seva intenció és formar-se com a sociòleg en una universitat estrangera, no pot fer-ho fins al curs 1974-1975, en què Salvador Giner, aleshores professor a la Universitat de Lancaster, l'acull durant un any al Departament de Sociologia. Més endavant, fa una estada de tres anys a la Universitat d’East Anglia, on pot endinsar-se en la recerca pluridisciplinària sobre la família. 

De retorn a Barcelona el 1978, és professor de sociologia a l’Institut Catòlic d’Estudis Socials de Barcelona, encarregat de curs a l’Escola Universitària d’Estudis Empresarials i més endavant a la Facultat de Geografia i Història de la UB. És una etapa difícil a causa de la fragmentació de la docència en diversos centres educatius, que finalitza el 1982 amb el seu trasllat a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), on pot gaudir d’una progressiva estabilització professional. Aquest procés de consolidació va acompanyat de l’obtenció del doctorat en Dret per la UAB el 1981, amb una tesi dirigida per Giner. El 2005, és nomenat catedràtic de sociologia. 

Després de ser director del Departament de Sociologia entre el 1993 i el 1995, arran de la col·laboració des de 1996 amb el Mannheimer Zentrum für Europäische Sozialforschung (Universitat de Mannheim), s’interessa cada vegada més per la relació entre les polítiques públiques dels Estats de benestar i la transformació de les estructures familiars. Des del Consorci Institut d’Infància i Món Urbà de Barcelona (CIIMU) és promotor i coordinador d'una xarxa europea: "El benestar de la infància: L'impacte del canvi en les formes familiars, les condicions de treball dels pares, la política social i les mesures legislatives" (WELLCHI NETWORK), i participa en alguns projectes del Programa Marc de la Comissió Europea, on és avaluador expert durant un nombre d’anys considerable. També és investigador visitant en diverses universitats estrangeres: École des Hautes Études en Sciences Sociales de París (1986); l’esmentat Mannheimer Zentrum (1996); Universitat de Bath (1999); Institut de Sociologia de la Universitat d’Hamburg (2007) i Stanford Center on Poverty and Inequality, de Stanford University (2008). Finalment, el 2005 promou a la UAB la creació d’un grup de recerca propi sobre Infància, família i polítiques socials comparades, l'Iphigenia.

Els assaigs que publica als anys vuitanta giren entorn de la tesi de doctorat: Alguns aspectes teòrics de la privacitat –és un dels primers a emprar l'anglicisme privacitat en català, avui dia àmpliament utilitzat i acceptat pels diccionaris normatius–, que finalment es publica en una versió reduïda i adaptada el 1982, De la vida privada. Es tracta d'una anàlisi dels models de públic-privat, a més d’endegar un estudi teòric exploratori de la sociogènesi de la vida privada així com dels processos socials de privatització. L'any següent, el llibre és guardonat amb el Premi Crítica Serra d’Or d’Assaig.

Els dos principals llibres publicats durant la darrera dècada del segle versen sobre la situació de la cultura catalana i els reptes a què s’enfronta. En El català, ¿llengua pública o privada? (1996) s’analitzen els resultats de cent entrevistes en profunditat fetes a persones residents a Barcelona sobre la seva socialització lingüística. Una de les tesis que defensa l’autor és que una part de les dificultats relacionades amb la difusió de la llengua són degudes al fet que l’aprenentatge del català per part dels nouvinguts es produeix de manera minvant en contextos primaris i comunitaris, com s’esdevenia en èpoques anteriors, la qual cosa suposa privilegiar les seves motivacions instrumentals sobre les identitàries i expressives. I La cultura catalana: El sagrat i el profà (amb Salvador Giner, Jordi Busquet i Núria Bultà, Edicions 62, 1996), sobre el lligam entre la identitat cultural i la llengua. 

Al tombant de segle apareixen dos llibres sobre les polítiques familiars, aleshores un concepte força innovador: Les polítiques familiars en una perspectiva comparada (Fundació 'La Caixa', 2000) i una obra de la qual és curador, Informe sobre la situació de la família a Catalunya: Un intent de diagnòstic (Generalitat de Catalunya, 2002). L’objectiu de Joves i adolescents a la recerca d'identitat (amb Joan Busquets i Esther Oliver, Institut d'Infància i Món Urbà, 2005) és aprofundir en el coneixement de la situació i de les problemàtiques que viuen els joves i adolescents d'entre 12 i 24 anys en tres localitats diferenciades (Vilanova i la Geltrú, Mataró i el districte d’Horta-Guinardó de Barcelona) emprant metodologies quantitatives i qualitatives. D’altra banda, Monoparentalitat i infància (amb Elisabet Almeda i Lara Navarro-Varas, Fundació 'la Caixa', 2006) il·lustra diverses menes de penalitzacions que enduren els fills de les llars monoparentals, amb un elevat cost evidenciat per la seva situació de privació material i per altes taxes d’abandonament educatiu precoç que els afecten. Finalment, publica Émile Durkheim. Sociòleg de la moral (Editorial UOC, 2011), un petit volum sobre la figura i l’obra de Durkheim, un dels fundadors de la sociologia a França.