Marià Aguiló i Fuster neix el 16 de maig de 1825 a Palma. Fill d'una família xueta, aviat obté la protecció del seu oncle, el poeta Tomàs Aguiló i Cortès. Estudia a l'Institut Balear, on entra en contacte amb el Romanticisme més conservador i amb una certa recuperació de la llengua catalana a Mallorca.

Influït per la tradició de les gloses mallorquines comença a publicar poesies en castellà el 1844 a la revista Almacén de frutos literarios. Una altra influència decisiva és la de la seva dida, Antònia Canyelles, que el porta a recollir cançons populars d'arreu.

L'any 1844 es trasllada a Barcelona per estudiar Dret, carrera que no arriba a acabar perquè es deixa impressionar per l'ambient cultural barceloní de l'època. A la capital catalana coneix J. Roca i Cornet, M. Milà i Fontanals i V. Balaguer a més de Pau Piferrer, amb qui estableix una gran amistat, i J. Rubió i Ors. Aquesta relació amb els prohoms de la Renaixença accentua la seva voluntat de recuperació de la llengua i la literatura catalanes. Creix el seu interès per la literatura popular de tradició oral i des de 1850 inicia una etapa d'excursionisme, sobretot estival, per tot Catalunya amb la finalitat d'aplegar cançons. Però no és fins el 1893 que publica l'únic volum del Romancer popular de la terra catalana. Cançons feudals cavalleresques.

A Barcelona exerceix de bibliotecari i es converteix en un avantatjat investigador de les fonts escrites de la llengua i la literatura catalanes. Aquest treball el continua a Madrid l'any 1852. El 1854 és nomenat bibliotecari supernumerari i obté una subvenció per estudiar els manuscrits catalans. Posteriorment, el 1858, és bibliotecari en cap de la Universitat de València, on comença la immensa obra del Catálogo de obras en lengua catalana impresas desde 1474 hasta 1860. Es relaciona amb els intel·lectuals i escriptors valencians de la Renaixença com Teodor Llorente i Wenceslau Querol. A partir de 1861 passa a ser responsable de la Biblioteca de Barcelona com a oficial primer i el 1871 com a director.

L'amor, la llengua i la mort són els grans temes de la seva producció poètica que té com a referent la poesia popular. Entre les seves obres més aconseguides i valorades destaquen El llibre de la mort (1898) i Focs follets (1909) on exalta el seu amor a Mallorca i a la llengua catalana. L'any 1925 apareixen, pòstumament, les seves Poesies completes. Marià Aguiló participa en la restauració dels Jocs Florals l'any 1859, forma part diverses vegades del Consistori organitzador i és proclamat Mestre en Gai Saber.

Publica en molt acurades edicions de bibliòfil, clàssics catalans, a la Biblioteca Catalana i al Cançoneret de les obretes en nostra llengua materna més divulgada durant los segles XIV, XV e XVI.

Amb la intenció de constituir un gran diccionari de la llengua catalana inicia un immens treball de recopilació de materials lexicogràfics. Aquesta obra apareix, també pòstumament, en deu volums a partir de 1914 amb el títol de Diccionari Aguiló, editat per Pompeu Fabra i Manuel de Montoliu.

Marià Aguiló mor a Barcelona el 6 de juny de 1897.