Joan Margarit i Consarnau neix a Sanaüja (La Segarra) l'onze de maig de 1938, en plena Guerra Civil espanyola.

Els pares –l'arquitecte Joan Margarit i Serradell, de Barcelona, i la mestra Trinitat Consarnau i Sabaté, de l'Ametlla de Mar– es casen el juliol de 1936 a Barcelona, però es traslladen a la casa de l'àvia paterna, a Sanaüja, a causa de la guerra. Un cop finalitzat el conflicte i en funció del destí de feina del pare, la família viu a Barcelona, Rubí, Figueres i Girona, successivament fins al 1948. Instal·lats de nou a Barcelona, l'autor cursa el batxillerat a l'Institut Ausiàs March, aleshores situat al carrer Muntaner. L'any 1954 es traslladen, encara, a les Illes Canàries i des del 1956 l'autor estudia arquitectura al Col·legi Major Sant Jordi de Barcelona. L'any 1962 coneix Mariona Ribalta, amb qui es casa l'any següent i s'instal·len al carrer Sardenya de la capital catalana. Tenen tres filles –Mònica, Anna i Joana– i un fill, Carles. Des de l'any 1968 és catedràtic de l'Escola d'Arquitectura de Barcelona.

Treballa associat amb Carles Buxadé i Margarit i, conjuntament, fan obres com la cúpula del Pavelló Araba a Vitòria (premi Europeu d'Estructures Metàl·liques, actualment anomenat Fernando Buesa Arena) i la rehabilitació de la fàbrica Aymerich de Terrassa com a seu del Museu de la Ciència i la Tècnica de Catalunya. També forma part de l'equip guanyador del concurs per a l'estadi i l'anell olímpic de Montjuïc.

Joan Margarit comença la seva carrera com a poeta a partir de 1963, amb les obres en castellà Cantos para la coral de un hombre solo (1963), Doméstico nací (1965), Crónica (1975) i Predicción para un bárbaro (1979). A partir de l'any 1980 inicia la seva obra poètica en català. Així, el 1981 obté el Premi de la Crítica amb l'obra Vell malentès, del mateix any, i el Premi Miquel de Palol per Cants d'Hekatònim de Tifundis (1982). Amb aquest poemari també obté, el 1982, el Premi Serra d'Or. El mateix any veu la llum l'obra Raquel / La fosca melangia de Robinson Crusoe; el 1983 apareix El passat i la joia i el 1985 L'ordre del temps. Poesia 1980-1984 i L'illa del tresor, obra que li val la Flor Natural en els Jocs Florals de Barcelona d'aquell any, en què també obté, amb Mar d'hivern (1986), el Premi Carles Riba. L'any 1987 el poeta és guardonat, altre cop, amb el Premi Serra d'Or per La dona del navegant (1986).

Després d'aquests anys de reconeixement pel que fa a l'obtenció de premis literaris, l'autor segueix publicant regularment amb obres importants com Edat roja (1991), Els motius del llop (1993), Estació de França (1999) o el recull Els primers freds. Poesia 1975-1995 (2001). D'especial rellevància dins la seva trajectòria són els poemaris Joana (2002), escrit amb motiu de la mort de la seva filla, i Càlcul d'estructures (2005). L'any 2004 obté el Premi Cadaqués per l'obra completa i el 2008, amb Casa de Misericòrdia (2007), els premis de la Crítica, Cavall Verd-Josep M. Llompart de l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana, Rosalía de Castro del PEN Club, Premi Nacional de Cultura de literatura de la Generalitat de Catalunya i el Premi Nacional de Poesia del Ministeri de Cultura espanyol.

Casa de Misericòrdia, inspirada en una exposició sobre la postguerra espanyola, conté alguns dels temes recurrents en tota la poesia de l'autor. Així, el patiment humà, la guerra, l'arquitectura, el jazz, Barcelona, l'amor, la vellesa i la mort, hi apareixen de forma sintetitzada, intensa i punyent.

És responsable de les traduccions al castellà d'Estimada Marta, de Miquel Martí i Pol (1980) i, juntament amb Pere Rovira, del Poema inacabat de Gabriel Ferrater, l'any 1989. Gran part de la seva obra s'ha traduït i publicat al castellà –amb traduccions pròpies, en la majoria dels casos– i a l'alemany, l'anglès, l'èuscar, l'hebreu el portuguès i el rus. Apassionat del jazz, la seva poesia s'ha musicat en diverses ocasions, com en els discos Paraula de Jazz, on el mateix autor recita diversos poemes, o Desglaç, de Miguel Poveda, entre d'altres.

El 2015 és guardonat amb el Premi Jaume Fuster dels Escriptors en Llengua Catalana, que s'atorga a través de les votacions dels escriptors membres de l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana. Amb motiu d'aquest lliurament, és nomenat soci d'honor de l'entitat.

Amb constants reedicions i traduccions de la seva obra Joan Margarit és un dels poetes catalans més populars i llegits del panorama literari català.

Joan Margarit mor el 16 de febrer de 2021 a l'edat de vuitanta-dos anys.