Blai Bonet i Rigo va néixer a Santanyí (Mallorca), el 10 de desembre de 1926, en el si d'una família humil. El seu pare treballava de garriguer a la finca del marquès de Barberà. Als deu anys va ingressar al seminari de Palma, però va haver d'interrompre els estudis eclesiàstics a causa d'una afecció pulmonar. Al seminari va estudiar cinc anys d'Humanitats, llatí i grec, i tres anys de Filosofia. Als quinze anys, Blai Bonet convivia amb les Geòrgiques, l'Eneida de Virgili, les Metamorfosis d'Ovidi, i va aprofundir en Heràclit, Plató i Aristòtil.

L'any 1947, les dures condicions de vida de la postguerra li provoquen una tuberculosi al pulmó esquerre que l'obliguen a abandonar el seminari. D'altra banda, el sentiment religiós angoixat i existencial i, de l'altra, les conseqüències d'aquesta malaltia condicionaran per sempre la seva trajectòria vital i literària. Durant l'estada al sanatori antituberculós de Caubet (Banyola), va començar a escriure la novel·la El mar, (premi Joanot Martorell, 1957). Diu Blai Bonet en una entrevista de Jordi Coca (Serra d'Or, núm. 256, gener 1981:17-23):

"El mar és una síntesi de la vida del sanatori. No és autobiogràfic. (...) Allí [Sanatori de Caubet] vaig començar a escriure El mar; potser vaig fer-ne cinc-centes pàgines. Perquè l'original d'aquesta novel·la té vuit-centes pàgines, però com que l'editor va trobar que era massa llarga, doncs vaig fer una cosa que ara no tornaria a fer, que és reduir-la. (...) Va ser el primer que vaig escriure, El mar. De versos, vaig trigar molt a fer-ne."

La cruesa de la història i la gosadia de l'estil, converteixen El mar (inèdita fins l'any 1958, i, encara, publicada sensiblement reduïda) en una obra insòlita, que va tenir un gran impacte en la crítica catalana de l'època i que ha estat portada al cinema quaranta anys més tard de publicar-se (2000). Al sanatori de Caubet, va començar a escriure també els dos primers poemaris, Quatre poemes de setmana santa, que es va editar el 1950, i Entre el coral i l'espiga, editat dos anys després. En aquests anys, Bonet fa amistat amb l'escriptor Bernat Vidal i Tomàs, que li va encomanar l'admiració pels poetes castellans de la Generació del 27, i li va facilitar la publicació dels seus primers poemes.

Blai Bonet va donar-se a conèixer a Catalunya amb Cant Espiritual, que va guanyar el Premi "Ossa Menor" de l'any 1952. Dos fets marquen el reconeixement literari de Bonet a l'àmbit del Principat: Cant Espiritual va ser prologat per Salvador Espriu, i Carles Riba el va visitar a la seva casa de Santanyí.

El 1956, la intel·lectualitat barcelonina va tractar de portar a Barcelona el poeta mallorquí. Carles Riba, Salvador Espriu i Josep M. Castellet, entre d'altres, li van finançar un tractament antituberculós en una clínica barcelonina, i el van instal·lar en una masia a Riells de Montseny, on pogués gaudir d'un clima apropiat per als pulmons. Els tres anys viscuts a la masia del Montseny van ser molt beneficiosos per a Bonet:

"Com que el meu deure era posar-me bo, al Montseny vaig passejar molt. Hi vaig aprendre el més bàsic. Els llibres no em podran ensenyar mai el que vaig aprendre al bosc, a les fonts, amb els pagesos. Des de Breda a Riells hi havia el que va del segle XIII al segle XX. Quant em va ensenyar trepitjar, la terra durant tres anys, tot sol...! Els llibres em sobraven. Alguna cosa vaig llegir, sí. Em vaig empassar la Bíblia de Montserrat, per exemple, que és una cosa molt maca. Per una frase curta així hi ha mitja pàgina de notes. Ara, sobretot vaig escoltar molta música. I també parlava amb gent, amb l'abat Escarré, que hi venia; amb els metges... A més, hi vaig trobar l'home de qui he après més: mossèn Antoni Batlle, l'home que duia tots els minyons de muntanya, l'home més gran que jo he conegut."

Enfront de la tuberculosi, el poeta es rebel·la amb una rebel·lió vitalista i una recerca angoixada de Déu. En cada nou llibre, va fer un pas més enllà en la recerca d'un llenguatge propi, evoluciona cap a formes cada vegada més lliures, que es concreta en el poemari que, segons la crítica, és la seva obra cabdal: L'Evangeli segons un de tants, que guanya el premi Carles Riba el 1962 i que tardarà cinc anys a publicar-se per problemes de censura. Un llibre que en paraules d'Àlex Susanna, és "rodó, d'una modernitat esveradora, sorprenent, perdurable".

L'obra narrativa de Bonet és escrita principalment entre finals de la dècada dels 50 i la dècada dels 60. En les seves novel·les, Blai Bonet tracta incorporar a la literatura catalana els corrents narratius que triomfen a l'estranger. Existencialisme, experimentalisme, nouveau roman... són digerits i adaptats al món personal de l'escriptor. Judes i la primavera (1963) experimenta amb les noves tècniques narratives, aportant l'influx de l'existencialisme d'inspiració cristiana. La novel·la més reeixida, desprès de El mar, va ser Míster Evasió (1969), on va utilitzar tècniques com l'ús de flash-backs i el monòleg interior, i l'innovador tractament del llenguatge —onomatopeies, llenguatge col·loquial...

Va conrear la crítica d'art, estudis literaris i el teatre, Parasceve (1958). Ha escrit també dos volums de memòries: Els ulls (1973) i La mirada (1975).

El 1965, en la fase final del Concili Vaticà II va passar sis mesos a Roma i va enviar cròniques periodístiques a Destino, a O Globo, de Brasil, a El Sol, de Buenos Aires.

Entre 1966 i 1969 va seguir uns cursos de teologia a Tubinga.

Per indicació mèdica, el 1972 va tornar definitivament a Santanyí i va començar una vida retirada dels cercles literaris. El seu exili interior va provocar un lent i inexorable oblit de la seva figura, cada vegada més borrosa i allunyada de la seva fulgurant aparició a principis de la dècada dels 50. Bonet es va convertir en una figura enigmàtica, desconeguda per a les noves generacions.

L'any 1987 és el del seu redescobriment. Amb el llibre de poemes El jove, Bonet va guanyar la Lletra d'Or, el Premi Nacional de la Crítica, i el Premi de la Generalitat de Catalunya. És l'inici de la recuperació de la seva figura, dels homenatges i dels honors, tant a les Illes com a Catalunya, que va culminar l'any 1990, amb la concessió de la Creu de Sant Jordi de la Generalitat de Catalunya.

Va morir a Santanyí, el desembre de l'any 1997. A títol pòstum, el 1998 el Govern Balear li va atorgar el premi Ramon Llull. L'any 2000, l'Editorial Empúries, del Grup Edicions 62, publica el poemari Sonets. Aquest mateix any s'estrena la pel·lícula El mar, basada en la novel·la homònima, dirigida per Agustí Villaronga.

El 2014 apareix la seva obra poètica reunida, a cura de Nicolau Dols i Gabriel de la S.T. Sampol, amb pròleg de Margalida Pons. Inclou els 12 poemaris publicats en vida i els sonets pòstums, a més de 70 poemes completament inèdits i una seixantena de versions de poemes presents en llibres. Paral·lelament també es reedita, el mateix any, el gruix de l'obra dietarista de l'autor.