Francesc Pujols i Morgades neix l'11 d'agost de 1882 a la plaça Reial de Barcelona. Fill d'Isidre Pujols i Bofill, que era l'home de confiança del procurador de tribunals Francesc Canals, no s'haurà de preocupar mai pels diners ja que, com ell mateix dirà, gràcies a l'herència que el seu pare rep de Canals podrà "ser poeta, escriptor i filòsof, impunement". La mare, Matilde Morgades i Nadal, provenia de la família Morgades, de Vilafranca del Penedès, i era cosina segona del bisbe Morgades.

Després del batxillerat, renuncia a l'enginyeria i es dedica obertament a la literatura, sobretot a partir de la mort del seu pare l'any 1902. El 1903, als 21 anys, és premiat als Jocs Florals pels poemes Idil·li i Balada de les festes i coneix Joan Maragall, president del consistori. L'estímul que provoca en el jove Pujols la relació amb un dels seus poetes de referència s'allarga fins a la publicació del seu primer recull de poemes un any més tard, El llibre que conté les Poesies d'en Francesc Pujols. El recull és prologat pel mateix Maragall que, tot lloant-ne el contingut, l'apropa a la seva teoria poètica, malgrat que sovint els versos d'aquest llibre han estat entesos en clau paròdica.

Pujols llegeix i escriu intensament, i, impulsat per la dèria de seguir parlant amb Maragall, comença a freqüentar l'Ateneu Barcelonès, una entitat que li proporciona "els llibres, els amics i l'ambient" que necessita. Allí fa amistat amb altres escriptors i artistes com Pompeu Crehuet, Joan Oller i Rabassa o el llibreter Antoni Castells.

Després de pronunciar la seva primera conferència el 1905 en el vell Ateneu del Teatre Principal amb motiu d'una exposició del pintor Marià Pidelaserra, i de publicar el 1906 l'arriscada novel·la rousseauniana El Nuevo Pascual o la Prostitución i l'opuscle El mal del separatismo catalán sota el pseudònim d'Augusto de Altozanos, sembla abandonar la literatura per passar a dedicar-se a la crítica d'art, el periodisme i la filosofia. Així, en el viatge que realitza entre 1907 i 1908 a Madrid, a més de compartir tertúlies amb Francesc Cambó i amb diversos intel·lectuals, visita sovint el Museu del Prado. De retorn a Barcelona, es cristal·litza la seva vinculació amb el món de l'art quan ajuda a impulsar l'agrupació ideada pel pintor Iu Pascual Les Arts i els Artistes. A partir d'aquesta associació, de la qual acaba sent secretari, coneix altres artistes com Isidre Nonell i Xavier Nogués, amb qui publica el llibre Catalunya pintoresca (1919). El 1908, comença a col·laborar en el setmanari Papitu, publicació fundada pel seu amic Feliu Elias, Apa, i on apareix la novel·la per lliuraments La tardor barcelonina. De 1911 a 1914, dirigeix aquesta revista i l'adapta a les Normes ortogràfiques de l'Institut d'Estudis Catalans.

Entre finals dels anys deu i començaments dels vint, és membre de diverses institucions com la Junta de Museus de l'Ajuntament de Barcelona o el Cercle Artístic i, de 1924 a 1926, ocupa el càrrec de secretari de l'Ateneu Barcelonès. També segueix amb l'activitat periodística a El Poble Català, La Publicidad, Las Noticias, Vell i Nou, La Terra, Arts i Bells Oficis, La Nova Revista, Picarol o Mirador, on escriu sobretot crítica d'art, recollida en part a Recull d'articles de crítica artística (1921). En els seus escrits, juga amb un estil humorístic que se serveix constantment de metàfores i frases fetes i que fa que, d'alguna manera, els textos mai no semblin que vulguin arribar al fons de les qüestions que plantegen.

Francesc Pujols mostra igualment interès per la dramatúrgia. Entre 1922 i 1923 treballa en diverses versions líriques, com les de les obres Don Joan de Serrallonga de Víctor Balaguer i El castell dels tres dragons de Frederic Soler, Pitarra, així com en la versió teatral Llibre de Job i la tragèdia Medeia.

El 1918 publica Concepte general de la ciència catalana, primer resultat de les seves investigacions filosòfiques i on comença a plantejar un sistema filosòfic propi, que ell mateix anomenarà hiparxiologia primer i pantologia després. Pujols, d'alguna manera, vol provar l'existència d'un corrent filosòfic essencialment català que comença amb Ramon Llull. Josep Pla se sent atret per la filosofia de Pujols i la resumeix al manual El sistema de Francesc Pujols (1931), sorgit arran de les converses mantingudes amb ell.

Malgrat que intel·lectuals com Carles Riba o Joaquim Folguera critiquen la lleugeresa i l'humorisme de les maneres "pujolsianes" del Concepte, segueix publicant treballs filosòfics com L'evolució i els principis immutables (1921) i La religió i la moral (1921). És autor també d'Història de l'hegemonia catalana en la política espanyola (1926), La vida artística i religiosa de Gaudí (1927), Catalunya i el Marroc (1928), La solució Cambó (1931), La rabassa morta (1932), El pintor Pidelaserra (1934) i Un llibre-estel de Joaquim Casas-Carbó (1935).

A partir de 1926 ha estat vivint a Martorell, a la Torre de les Hores, tot i que no ha deixat mai d'estar vinculat fermament a Barcelona. Hi va pràcticament cada dia i és protagonista important de la vida cultural barcelonina: hi realitza conferències, diàlegs i escriu als diaris importants de la ciutat.

Durant la Guerra Civil escriu a La Vanguardia, La Veu de Catalunya, El Diari de Catalunya i La Revista, i segueix lligat a l'Ateneu, on a finals de 1938 parla sobre Joan Maragall, la seva última conferència abans de l'entrada de les tropes franquistes a Barcelona. El de la guerra és un període difícil: la mare i la dona moren a l'inici del conflicte i el seu fill Faust marxa al front. El 1939 s'exilia a França, primer a Prada de Conflent (acollit pel seu amic Pau Casals) i després, com tants d'altres intel·lectuals catalans, a Montpeller. Allí manté llargues xerrades amb l'escriptor i antic funcionari de la Generalitat de Catalunya Artur Bladé, que més tard reunirà el material d'aquestes converses en el llibre biogràfic Francesc Pujols per ell mateix (1967).

El 1942 retorna a Barcelona. Empresonat a la Model durant un mes, aconsegueix després tornar a instal·lar-se a la Torre de les Hores a Martorell, on molts dels seus llibres i papers havien estat cremats per les forces d'ocupació franquistes. Amb molta menys participació cultural que abans de la guerra, treballa i estudia en solitud i discreció. La seva activitat pública es limita a les col·laboracions periodístiques a revistes com Ariel, Destino, Gran Via i Revista Europa.

Malmès de salut per culpa d'una tuberculosi, mor a Martorell el 13 de febrer de 1962.