Miquel Batllori i Munné, també conegut per Pare Miquel Batllori neix al número 2 de la Plaça de Catalunya de Barcelona, l'1 d'octubre del 1909, bessó de la seva germana Mercè. El seu idioma matern és el castellà perquè la mare, Paula Munné de Escauriza, provenia de Cuba. Estudia al Col·legi dels Jesuïtes del carrer Casp. L'opció pel català, que aprèn els estius a Sant Feliu de Codines, i pel catalanisme, la fa a la Universitat. Dels 11 als 25 anys pateix osteomielitis, que ha d'afrontar amb diverses intervencions quirúrgiques i períodes llargs de convalescència que els passa llegint, primer, les aventures de Jules Verne i de Salgari, i més endavant les proses de Jacint Verdaguer i les novel·les de Chesterton i B. Shaw.

L'entrada a les facultats de Dret i Filosofia i Lletres és molt primerenca. Cursa els estudis universitaris dels quinze als dinou anys. Es llicencia en Història i en Dret a la Universitat de Barcelona l'any 1928, on és deixeble de Jordi Rubió i Balaguer, i rep el premi extraordinari. El mateix any ingressa a la Companyia de Jesús. Quan aquesta companyia es dissol a l'Estat espanyol, Miquel Batllori s'exilia a Avigliana, prop de Torí, a Itàlia, on estudia Filosofia a la facultat dels jesuïtes catalans.

El 1936 obté la llicenciatura en Filosofia. L'esclat de la Guerra Civil espanyola l'aclapara. En aquest sentit protesta enèrgicament contra els bombardejos a la població civil de Barcelona, actitud que no és ben vista pels seus superiors de l'ordre, que veien en ell un personatge incòmode tenint en compte la situació política a Itàlia. Del 1936 al 1939 estudia Teologia a la facultat dels jesuïtes catalans de San Remo.

L'agost del 1939 torna a la península, i es llicencia en Teologia a Oña (Castella la Vella). Acabats els estudis de Teologia, dubta de la seva vocació i triga un any a ordenar-se sacerdot. El 31 de juliol del 1940, al barri de Sarrià de Barcelona, oficia la primera missa, i a continuació passa un any de recés a Manresa (Bages). L'octubre de 1941 llegeix la Tesi Doctoral a la Universitat de Madrid, amb el títol "Francisco Gustá, apologista y crítico", obtenint el premi extraordinari.

Del 1941 al 1947 Miquel Batllori és professor del Col·legi Monti-Sion a Palma de Mallorca, en una mena d'exili interior propiciat per la jerarquia de l'orde jesuïta. A Records de quasi un segle ens diu: "Tot just arribat a Mallorca, Ramon Llull fou la meva targeta de presentació. Hi vaig abordar, just defensada la tesi doctoral a Madrid, un dia plomís i plujós del 1941. El 2 de novembre, el dia dels Difunts, per paga. El viatge per mar no fou tan bell com tants d'altres que després havia de fer. Més que la humanitat de Joan Alcover i que el radiant paisatgisme de Costa i Llobera, m'hi havien acompanyat les Vespres de Difunts de Miquel dels Sants Oliver. Però, tot d'una, el bell parlar de Mallorca m'encisà". Durant aquests anys a Mallorca escriu l'estudi sobre el lul·lisme italià. El novembre de 1947 viatja a Roma per incorporar-se a l'Institut Històric de la Companyia de Jesús, del qual va ser-ne el director del 1954 fins al 1958. A Itàlia funda l'Associació Italiana d'Estudis Catalans.

La seva ingent feina d'investigador es consolida durant els més de trenta anys en què viu a Roma, del 1947 al 1980, alternant-la, a partir de 1952, amb classes d'Història Moderna a la Facultat d'Història Eclesiàstica de la Pontifícia Universitat Gregoriana de Roma. Durant el franquisme, Miquel Batllori manté contactes amb l'oposició clandestina demòcrata cristiana i amb grups de catalans exiliats. Tot i viure en contacte amb l'alta jerarquia eclesiàstica, el món del Vaticà només li interessa a partir del Concili Vaticà II.

És director de la revista Archivum Historicum Societatis Iesu, que s'edita a Roma (1951-1969 i de 1974-1981). Sobre la revista, ens diu: "La seva direcció va propiciar-me una temptadora ampliació de temes culturals. Va ser una obertura de tipus temàtic i també de tipus geogràfic, que enllaçava amb la tradició del món cultural dels jesuïtes, sobretot del segle XVI al XVIII. Ara ja no havia de cenyir-me només a Espanya i a Hispanoamèrica, sinó que havia d'interessar-me per tot Europa i una mica també pels mons asiàtic i africà".

El 1958 Miquel Batllori és nomenat membre numerari de la "Real Academia de la Historia" de Madrid. També és membre de l'Institut d'Estudis Catalans i de l'Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona. Professor emèrit de la Facultat d'Història Eclesiàstica de la Pontifícia Universitat Gregoriana de Roma des de 1981, veu guardonada la seva obra historiogràfica i la seva trajectòria amb les més altes distincions: Creu de Sant Jordi de la Generalitat de Catalunya (1982), "Gran Cruz de Alfonso X el Sabio" (1984), Medalla d'Or de la Generalitat de Catalunya (1985), Premi d'Honor de les Lletres Catalanes (1990), Premi Lluís Guarner de la Generalitat Valenciana, (1991), Medalla d'Or de l'Ajuntament de Barcelona (1992), "Premio Príncipe de Asturias de Ciencias Sociales" (1995), Creu d'Honor d'Àustria per a les Ciències i les Arts (1997), i la Medalla d'Or del Govern Balear (1998). El 1997 s'instal·la a la residència de jesuïtes del carrer Casp de Barcelona.

En paraules seves, "diuen que no es pot parlar d'humanisme més enllà del 1546, data de la mort d'Erasme. Històricament, per tant, no sóc un humanista. Sí que ho sóc seguint Horaci, en un sentit més ampli d'interès per tots els afers humans. Però essencialment sóc un historiador de la cultura". Considerat un dels grans erudits del segle XX, a més del català i del castellà domina l'alemany, l'anglès, el francès, el grec clàssic, l'italià, el llatí, el portuguès i el provençal. La seva obra, escrita i traduïda a diverses llengües i amb més de dos-cents títols publicats a part de crítiques i recensions, se centra en problemes d'història cultural i eclesiàstica i es preocupa per trobar noves fonts per a la documentació històrica, al mateix temps que ofereix síntesis de les seves investigacions. Amb els seus estudis, Miquel Batllori ha contribuït decisivament a reinterpretar personatges històrics i a continuar la investigació històrica des de noves perspectives. L'any 1993 l'editorial Tres i Quatre de València inicia la publicació de la seva Obra Completa, que finalitza l'any 2004 amb el vintè volum gràcies a la ingent tasca d'Eulàlia Duran, Josep Solervicens i Eliseu Climent. L'any 2000 publica l'obra de narrativa Records de quasi un segle, una biografia escrita per les historiadores Cristina Gatell i Glòria Soler, a partir de les converses amb l'autor, que rep el Premi Ciutat de Barcelona de Literatura Catalana (2001).

El 1999, l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana el nomena Soci d'Honor, i el 2001 rep la Medalla d'Honor del Parlament de Catalunya, categoria d'Or. El 18 de maig del següent any, coincidint amb l'aparició del primer volum del Diplomatari Borja, que ell mateix dirigeix, onze universitats dels Països Catalans l'anomenen Doctor Honoris Causa, en un acte conjunt amb el padrinatge de Martí de Riquer. En el discurs d'aquest homenatge, no exempt de la ironia que el caracteritza, diu: "No crec que tantes universitats s'hagin reunit mai en una església per a assistir a un funeral de cos present".

Miquel Batllori va morir en el Centre Borja dels jesuïtes de Sant Cugat del Vallès, el 9 de febrer del 2003 a l'edat de 93 anys, just quan havia acabat de revisar els dos últims volums de la seva obra completa.