Martí Genís i Aguilar neix a Vic el 21 de juny de 1847 en el si d'una família benestant. Estudia batxillerat al Seminari de Vic, on coincideix i fa amistat amb Jaume Collell, Josep Serra i Jacint Verdaguer. Als divuit anys es trasllada a Barcelona per estudiar farmàcia, seguint la tradició familiar. A Barcelona, compagina els estudis i les pràctiques de farmacèutic amb la publicació dels primers articles i poemes en revistes literàries de Vic.

Al llarg de la seva vida, Martí Genís i Aguilar es manté molt actiu en els cercles literaris i culturals de la seva ciutat natal. L'any 1867, amb vint anys i una vocació literària entusiasta, és un dels fundadors, juntament amb Jacint Verdaguer, Jaume Collell, Josep Serra i Campdelacreu, Josep Salarich i d'altres, de l'Esbart de Vic, que agrupava els joves poetes vigatans en trobades literàries en plena naturalesa, i que va tenir un paper important en els primers passos de la Renaixença literària catalana. Més tard participaria activament en les activitats del Círcol literari, una entitat de caràcter cultural que va vertebrar la vida cultural vigatana durant prop de mig segle. A partir de 1878 alterna el treball a la farmàcia i la seva trajectòria com a escriptor, amb una càtedra de Fisiologia i Història natural a l'institut de Vic. També és membre del Col·legi de Farmacèutics de Barcelona, i col·labora assíduament a la revista d'aquesta entitat amb articles de tema científic.

L'any 1874 acaba el doctorat en farmàcia a la Universitat de Barcelona, i s'instal·la a Vic per a treballar a la farmàcia del seu pare. Aquest mateix any apareix publicada la seva primera novel·la, Julita, que havia iniciat mentre realitzava la seva tesi doctoral. Julita és considerada una de les novel·les romàntiques més rellevants en llengua catalana, i una obra singular en el conjunt de la novel·lística de la seva època perquè enceta una línia que Manuel de Montoliu va denominar espiritualista o psicològica, i que es caracteritza per l'aprofundiment en la psicologia del personatge central, l'accent en els aspectes metafísics i poètics, i la introducció dels grans motius i de les tècniques literàries del romanticisme europeu. De base romàntica i sentimental, la novel·la també assaja amb alguns aspectes psicològics i naturalistes que es podrien considerar precursors de la narrativa catalana posterior.

L'èxit en el seu debut com a escriptor el predisposa a una producció literària continuada fins a la primeria del segle XX. Tot i que també escriu poesia i narrativa breu, ja en la seva època sobresurt com a escriptor de novel·les, de caràcter costumista romàntic i amb finalitat moralitzadora, que sovint apareixien en els periòdics i revistes La Renaixensa, La Ilustració Catalana, La Veu de Catalunya, i els vigatans La Veu de Montserrat i La Gazeta Vigatana. A més de Julita, sobresurten les novel·les La Mercè de Bellamata (1878), La reineta del Cadí (1892), i els volums Novel·les (1882) —que conté Sota un tarot, La Mercè de Bellamata, Records d'una nit i Quadros del cor—, i Novel·les vigatanes (1904) —que conté L'Espalmada, Dos albats de mitja pompa i La llum blava. Al mateix temps participa en diverses edicions dels Jocs Florals de Barcelona, i obté nombrosos èxits tant amb les seves poesies, de marcat caràcter jocfloralesc, com amb la seva prosa. L'any 1878 rep el Premi Extraordinari de prosa dels Jocs Florals de Barcelona per La Mercè de Bellamata i la Flor Natural amb el poema Lo criat major; el 1887 novament el Premi Extraordinari de prosa per Passavents (1887), i el 1892 la Viola d'Or amb Penediment. A més, presideix un gran nombre de certàmens literaris comarcals, i el 1921, els Jocs Florals de Barcelona. La seva obra poètica apareix parcialment recollida en els volums Poesies (1916), Guspires de ma llar (1919), i a l'antologia col·lectiva La garba muntanyesa (1879).

Amb el canvi de segle, els nous corrents literaris l'exclouen de l'actualitat literària. Tot i així, encara apareixen algunes publicacions, com els tres volums de contes Narracions casolanes (1907; 1911; 1922), de la col·lecció "Biblioteca d'autors vigatans", i l'aplec de narracions Records i contes (1925). L'any 1929 rep un homenatge amb motiu de la reedició de Julita a la col·lecció "Les ales esteses", i l'editorial Políglota divulga novament alguns dels seus títols més significatius.

L'any 1932, Martí Genís i Aguilar escriu el recull Estampes de l'Esbart (1933), on recorda els amics traspassats i les vivències de joventut. Poc després, el 10 de desembre, mor plàcidament a la seva residència. Marginat durant un temps, a partir de l'últim terç del segle XX comencen a aparèixer reedicions de la seva obra i estudis crítics que el situen com un dels autors clàssics de la literatura catalana vuitcentista.