Joan Josep Isern neix a Barcelona l'any 1950. És crític literari.

Aparellador d'ofici fins a l'any 1989, comença a col·laborar habitualment en el suplement literari del diari Avui aquest mateix any; activitat que desenvolupa fins a l'any 2009. Des de febrer de 2001 és el responsable de les pàgines de literatura catalana de la revista mensual Qué leer i col·labora de manera habitual, a més, a les revistes Serra d’Or i Caràcters. Joan Josep Isern va escriure uns sis-cents articles al suplement literari del diari Avui i aproximadament vuitanta articles a la revista Qué leer, a banda dels apareguts en altres publicacions, ja citades.

És membre fundador dels consells de redacció de les revistes Cultura, editada pel Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya entre 1989 i 1996, i Literatures, editada per l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana, entre 2003 i 2006. És col·laborador del Diari de Barcelona entre 1983 i 1984 i, més esporàdicament, de les revistes Quimera, Canigó, Cavall Fort, Saba Poètica, Reduccions, Catalan Writing, Revista de Catalunya, Crònica d'Ensenyament, Saó, Ínsula, Folc i Enderrock. També fou membre de la Junta de Govern de la Institució de les Lletres Catalanes des de març de 2000 i fins al gener de 2013, membre de la Junta Directiva de l'Associació d'Escriptors en Llengua Catalana, amb el càrrec de Tresorer, entre octubre de 2001 i abril de 2005 i membre de la Asociación Española de Críticos Literarios des de l'abril de 2002.

És autor, juntament amb Susanna Àlvarez, del llibre 25 anys de Festes Fabra (1996), obra que recull la història de les festes - homenatge a Pompeu Fabra entre els anys 1969 i 1993.

Forma part del Jurat de diversos premis literaris com el Sant Jordi de novel·la, "Joanot Martorell" de Gandia, "Recull" de Blanes, "Divendres culturals" de Cerdanyola, "Ulisses" de Castelló, "Llorenç Villalonga Ciutat de Palma" de Palma de Mallorca, "Joan Amades" de Tarragona, "Roc Boronat", de Barcelona, "El Lector de l'Odissea", de Vilafranca del Penedès, "Lateral" de narrativa catalana, Premios de la Crítica Española, Premis de la Crítica Catalana, Premis Ciutat de Barcelona i dels ajuts a la creació convocats per la Institució de les Lletres Catalanes, entre altres. En aquest sentit, cal destacar el llibre Quaranta anys de Premis Recull, on l'autor resumeix amb detall la trajectòria del certamen. L'obra és, en part, una continuació del treball publicat per Jaume Reixach amb motiu dels vint-i-cinc anys d'història dels Premis.

Joan Josep Isern és lector de diverses editorials i professor de crítica literària des de 1995, primerament a l'Aula de Lletres i després a l'Escola d'Escriptura de l'Ateneu Barcelonès, de la qual és membre fundador.

Col·labora en el Diccionari de la Literatura Catalana d'Enciclopèdia Catalana i en els cursos "Com neix un llibre", sobre la creació literària i l'edició, organitzats per Lateral Simposio i El Corte Inglés, dels Tallers de Lectura, organitzats per la Fundació Enciclopèdia Catalana i dels Tallers de Llengua i Literatura que organitza el SEDEC.

Ha estat membre del Consell Editorial de la Generalitat de Catalunya des de novembre de 2009 i de la Xarxa Tècnica de Política Lingüística des de març de 2012 fins que es jubila el desembre de 2013.

Actualment, col·labora escrivint articles per diversos portals i revistes digitals com Lletra, Joan F. Mira, Vilaweb, Paper de Vidre i Núvol. També escriu al seu bloc "Totxanes, totxos i maons”.

Des de gener de 2016, col·labora cada dos divendres opinant en l’espai “L’Estripada”, de l’informatiu “Catalunya Vespre”, de Catalunya Ràdio.

La seva activitat professional es desenvolupa al voltant de la publicitat, la comunicació, la informació i la difusió cultural.

L'any 2021, amb motiu de la commemoració del centenari del naixement de Joan Triadú (1921-2010), és nomenat comissari de l'Any Joan Triadú.