Bernat Joan i Marí va néixer a Eivissa l'any 1960, en el si d'una família pagesa. Tant son pare com sa mare s'ocupaven de les feines del camp. El pare, a més, treballava de picapedrer, després d'haver treballat com a saliner durant molts d'anys, a les salines d'Eivissa. Estudià les primeres lletres al col·legi de Sant Jordi de ses Salines i després cursà batxillerat al Seminari (antic centre religiós reconvertit en escola privada, actualment concertada). L'ambient del seminari era liberal, malgrat el caràcter confessional del centre i la suposada orientació d'acord amb el règim. La major part dels professors celebraren la mort del general Franco, i d'estranquis alguns començaven a introduir, molt tímidament, alguna referència a la cultura catalana. El tema de la llengua encara era tabú, malgrat que tothom, col·loquialment, parlava en català.

Quant a estudis universitaris, es decantà per la Filologia i, més concretament, per la Filologia Catalana. Cursà estudis a la Facultat de Filologia de la Universitat de Barcelona entre els anys 1977 i 1982, en què es llicencià. Aquesta època fou decisiva per a la seua formació intel·lectual. Entrà en contacte amb els grups de la societat civil (i de l'acció cívica i política) favorables a la normalització de la llengua catalana, de la cultura catalana i de la nació catalana en general. Inicialment, el seu accés a l'interès per la cultura catalana el feu a través de la connexió amb grups de tendència llibertària. En els anarquistes, el jove estudiant hi trobà persones que volien la llibertat per sobre de tot, que defensaven els drets de l'individu i de la societat i que eren radicalment contestataris amb l'Estat i amb l'ordre establert. A partir de l'aprofundiment en les tesis d'aquests plantejaments ideològics i filosòfics, acabà militant a l'independentisme català. Durant aquest període estudià Literatura Catalana (amb un especial interès per l'època modernista i pel segle XX en general, però també per la nostra literatura medieval). Es veié marcat profundament pel mestratge de Lluís Vicent Aracil, que aleshores hi feia classes de Sociolingüística.

Participà en la creació de l'Assemblea d'Estudiants Independentistes d'Universitat i en la formació del Seminari de Sociolingüística de Barcelona, en el si del qual realitzà els primers treballs d'investigació.

Mentrestant, cursà estudis d'Anglès i d'Alemany a l'Escola Oficial d'Idiomes de Barcelona, i traduí diversos textos de lingüística general per a la revista universitària Llengües en contacte.

Al llarg de l'estiu de l'any 1981 treballà en un equip de l'ICE de la Universitat de Barcelona, aleshores sota la direcció del professor Miquel Siguán, en una investigació que aparegué publicada sota el títol Els estudiants de BUP i COU i la literatura catalana, anàlisi sociològica sobre les preferències literàries, els gustos i els coneixements dels adolescents del Principat.

L'any 1982 es llicencià en Filologia Catalana i obtingué una plaça de professor no numerari a l'Institut Sa Blanca Dona d'Eivissa. L'any 1983 oposità a càtedres d'institut i obtingué la càtedra del centre on havia començat a treballar. Entre els anys 1984 i 1987 fou director de l'esmentat institut. Des de l’any 1982, començà a treballar per a l'ICE de la Universitat de les Illes Balears com a professor dels cursos de reciclatge de Llengua Catalana, per a professorat d'educació primària i d'ensenyament secundari.

L'any 1984 publicà el seu primer llibre: Bilingüisme? Normalització? Dades sobre el conflicte lingüístic a l'illa d’Eivissa. Començava, amb aquest llibre, una sèrie de textos (a partir d'estudis i d'assaigs) en sociolingüística, que han tengut continuïtat fins ara.

El dia 11 de setembre de 1979 havia publicat el seu primer article a Diario de Ibiza: una crítica teatral sobre una versió de L'Assemblea de les Dones d'Aristòfanes, feta per Marià Villangómez. Iniciava també una línia, de col·laboració als mitjans de comunicació, que no s'ha interromput fins avui. Inicialment publicà a Diario de Ibiza, però ben aviat col·laborà també a Ràdio Popular d'Eivissa, en un programa sobre nacions sense estat d'Europa (1982-83).

Bernat Joan començà a fer literatura de creació, de manera regular, a partir de la dècada dels noranta. L'any 1991 publicà la seua primera novel·la, Ball de voltors i des d'aleshores no ha deixat de publicar tant assaig com narrativa i teatre, compaginant sempre aquesta activitat amb l'activisme social a favor de la llengua i amb l'activitat política.

Participà l'any 1984 en la creació a Eivissa del Moviment de Defensa de la Terra (MDT) i formà un grup local dels anomenats Grups de Defensa de la Llengua, vinculats amb l'esmentada formació política. Col·laborà, des d'aquests, en la revista Viure en català, que fou l'òrgan de comunicació durant tot el temps de la seua existència.

A principi dels noranta, es vinculà amb Esquerra Republicana de Catalunya i contribuí a la seua implantació a Eivissa i al conjunt de les illes Balears i Pitiüses. Es presentà com a candidat al senat per ERC a Eivissa l'any 1993, i ha estat diverses vegades candidat per aquest partit, al senat, al congrés i a les eleccions al Parlament Europeu. Actualment és president d'ERC a les illes Balears i Pitiüses.

L'any 1994 participà en la formació de la Plataforma per la Llengua, grup de lluita per la llengua que s'ha destacat especialment pel seu activisme durant aquests últims anys.

Actualment, a més de col·laborar en la premsa escrita i en la ràdio col·labora, en un programa setmanal (Temps d'opinió) a la Televisió d'Eivissa i Formentera.

Pel que fa a la seua activitat acadèmica, des de l'any 1987 imparteix seminaris o cursos (depenent dels anys) a la Universitat Catalana d'Estiu, que se celebra cada mes d'agost a Prada de Conflent. Així mateix, ha participat en diversos congressos, majoritàriament relacionats amb la investigació en sociolingüística (II Congrés Internacional de la Llengua Catalana, I Congrés Internacional sobre Llengües Minoritzades, I Congrés sobre les Llengües de França, etc.). Com a complement de la seua formació acadèmica ha realitzat estudis de Sociologia, a través de la UNED.